Einleitung

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In diesem Kurs bekommen Sie einen vollständigen Überblick über den Bereich der DNA-Sequenzierung in Theorie und Praxis. Wir stellen Ihnen die historische Entwicklung des DNA-Sequenzierens sowie die Möglichkeiten moderner HTS-Sequenziercenter und die Grundlagen des Next Generation Sequencing (NGS) vor. Sie erfahren alles darüber, wie Sie eine eigene Sequenziereinheit aufbauen und gegebenenfalls auftretende Probleme mit schwierigen oder komplexen Sequenzierproben bewältigen. Die Inhalte des Kurses konzentrieren sich zunächst auf die Sequenzierung von Proben wie z.B. Plasmiden und PCR-Produkten. Sie bearbeiten im Praxisteil den gesamten Prozess von der template-Präparation über die Sequenzierung bis zur Auswertung der Sequenzen mit gängigen Softwaremodulen und verfügbaren Internet-Datenbanken. Im Zeitalter der individuellen Genomprojekte und Mega-Sequenziercenter ist es wichtig zu wissen, was Sie selbst sequenzieren können, was Sie außer Haus geben müssen, was Routine ist und was mehr Sorgfalt erfordert , die Sie selbst kontrollieren möchten. Dieser Kurs stellt Ihnen die historische Entwicklung des DNA-Sequenzierens dar, erläutert die Möglichkeiten moderner HTS-Sequenziercenter, sowie der Next Generation Sequencer (NGS). Er bereitet Sie vor, eine eigene Sequenziereinheit aufzubauen bzw. anfallende Probleme mit schwierigen Sequenzierproben zu bewältigen. Die Inhalte konzentrieren sich auf die Sequenzierung von Plasmiden und PCR-Produkten. Sie bearbeiten den gesamten Prozess von der template-Präparation bis zur Auswertung der Sequenzen mit gängigen Softwarepaketen und Internet-Datenbanken.

Inhalte und Lernziele

Theorieteil

• Grundlagen der PCR und DNA-Sequenzierung
• Geräte-Übersicht
• Präparation und Reinigung des Sequenziertemplates
• Tricks und Tipps zum Sequenzieren schwieriger templates
• Grundlagen des Next Generation Sequencings
• Auswertung der Rohdaten, Analyse einfacher Elektropherogramme und Sequenzen aus gemischten klinischen Proben (ripseq)

Praxisteil

• Primer removal und Mengenbestimmung des templates
• Isolation von DNA-Fragmenten aus Agarosegel
• Sequenzierungsreaktion: PCR-Produkt und Fragment (BandPickTM-System)
• Bedienung eines Kapillar-Sequenzierers am Beispiel des CEQ 8000
• Auswertung mit den Programmen Chromas und ripseq

Zielgruppe

Nachbesprechung

Lernplattform

Eine Lernplattform ( Moodle , e-learning4science.com ) hält für Sie

• das Script als PDF,
• Versuchsbeschreibungen und
• Literatur-Links-Downloads bereit